Úvod do metabolomiky

Študent sa oboznámi s informáciami o metabolóme so zameraním na ľudský metabolóm a chemické látky a procesy, ktoré ho charakterizujú. Porozumie princípom analytických metód, ktoré sa používajú v oblasti metabolomických chemických analýz. Po úspešnom ukončení procesu vzdelávania študent získa základné zručnosti v oblasti používania príslušnej prístrojovej techniky pre metabolomické analýzy a vie merať, interpretovať a kriticky zhodnotiť metabolomické údaje.

Stručná osnova predmetu

·       Úvod do metabolomiky. Metabolity a metabolizmus, štruktúra a diverzita metabolitov v biologickom systéme.

·       Postup práce analytického chemika pri metabolomickej analýze. Odber a príprava vzoriek na metabolomickú analýzu.

·       Získavanie metabolitov z biologických vzoriek. Metabolity v extracelulárnom médiu.

·       Výber analytickej metódy na analýzu metabolitov.

·       Analytický postup a jeho špecifiká v metabolomickej analýze.

·       Chromatografické a elektroforetické systémy v metabolomickej analýze. Hmotnostná spektrometria v metabolomickej analýze.

·       Vyhodnotenie údajov a ich interpretácia v metabolomickej analýze.

·       Iné ako základné metódy metabolomickej analýzy.

Trendy vývoja a budúcnosť chemickej analýzy v metabolomike.

Hodnotenie predmetu

Hodnotenie predmetu zahŕňa preverenie poznatkov zo seminárov a prednášok, spolu maximálne za 100 bodov. Seminár(maximálny počet 40 bodov) zahŕňa vypracovanie a prezentáciu seminárnej práce. Prednáška (maximálny počet 60 bodov) zahŕňa záverečný písomný test. Výsledná známka zahŕňa hodnotenie zo záverečného písomného testu, seminára a cvičenia.

Celkové hodnotenie predmetu

Podmienky pre absolvovanie cvičení a seminárov

Študijný poriadok Univerzity Komenského v Bratislave, Prírodovedeckej fakulty Článok 4, odsek 9

• ak študent príde na cvičenie nepripravený alebo v priebehu cvičenia sa bude chovať neadekvátne, poruší bezpečnosť pri práci a ohrozí tým svoje zdravie alebo zdravie svojich kolegov, vyučujúci ho môže vylúčiť z cvičenia bez nároku na náhradné odcvičenie úlohy
• študent musí absolvovať všetky laboratórne cvičenia,
• v prípade neúčasti študenta na cvičeniach, musí študent dokladovať dôvod svojej neúčasti, inak mu vyučujúci nemusí uznať zápočet a študent následne nebude pripustený ku skúške
• ak študent vymešká cvičenie a vyučujúci uzná jeho dôvody ako opodstatnené, docvičovanie úloh resp. získanie bodov stratených kvôli neúčasti sa bude riešiť individuálne na základe okolností a písomnej dohody medzi študentom a vyučujúcim
• študenti majú nárok na jeden náhradný termín (spravidla v 13. týždni semestra), počas ktorého si môžu docvičiť vymeškané úlohy (okrem prípadov menovaných v prvom bode)
• študent je povinný nahlásiť ešte pred absolvovaním cvičenia každú skutočnosť, ktorá by mohla ohroziť bezpečnosť a zdravie ľudí v laboratóriu alebo spôsobiť materiálne škody 
• ak študent vymešká viac ako jeden seminár bez dôveryhodného dokladovania dôvodu neúčasti, vyučujúci mu nemusí uznať zápočet a študent následne nebude pripustený ku skúške
• ak niektorý seminár alebo cvičenie odpadnú v dôsledku sviatkov alebo dekanského/rektorského voľna, body získateľné za tieto aktivity sa odpočítajú z maximálneho počtu bodov a percentuálna úspešnosť študenta sa vypočíta pomocou zníženého maximálneho počtu dosiahnuteľných bodov.

Ostatné problémy sa budú riešiť v zmysle Študijného poriadku UK v Bratislave zverejneného na webovej stránke fakulty.

Odporúčaná literatúra

1.     G. Addová, R. Górová, I. Ostrovský, Úvod do metabolomiky vo funkčnej genomike, systémovej biológii a chémii a odber a úprava vzoriek pred analýzou, UK v Bratislave, 2012.

2.     J. Zschocke, G.F. Hoffmann, Vademecum Metabolomicum, 3. vyd., Milupa Metabolomics GmbH & Co, 2011.

3.     W.J. Griffiths, Metabolomics, Metabonomics and Metabolite Profiling, RSC Publishers, 2008.

4. W. Weckwerth, Metabolomics, Methods and Protocols, Humana Press, Springer, 2010.